长期服用避孕药可能影响激素水平、代谢功能、生育能力、情绪状态及血栓风险，需根据个体情况调整用药方案。
避孕药含合成雌激素和孕激素，长期使用可能抑制卵巢自身激素分泌，导致月经周期紊乱或闭经。建议每使用3-6个月后停药1-2个月，或改用低剂量制剂如屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等，定期监测性激素六项。
部分避孕药会降低胰岛素敏感性，增加血糖血脂异常风险。用药期间需每半年检查糖化血红蛋白和血脂四项，出现异常可更换为诺孕酯炔雌醇片等对代谢影响较小的药物，配合有氧运动改善代谢。
长期服药后停药可能出现排卵恢复延迟，平均需3-12个月恢复自然受孕能力。计划怀孕前建议提前半年改用避孕套过渡，辅以监测基础体温和排卵试纸追踪排卵功能。
孕激素可能影响中枢神经递质平衡，引发焦虑或抑郁倾向。若持续情绪低落超过2周，可考虑更换为含屈螺酮的优思明等情绪影响较小的药物，必要时联合心理咨询干预。
雌激素会升高凝血因子浓度，吸烟者或肥胖人群风险更高。建议用药前筛查凝血功能，高风险人群选择仅含孕激素的迷您避孕药，如炔诺酮片，并避免久坐不动。
长期服药者应保证钙质和维生素B族摄入，每日补充1000mg钙和复合维生素，每周进行3次30分钟快走或游泳。避免同时服用抗生素和抗癫痫药物，用药期间每2年更换一次避孕方案，35岁以上女性建议逐步过渡为非激素避孕方式。出现严重头痛、胸痛或视觉异常需立即停药就医。