肉膜发育异常：阴茎包皮肉膜层发育异常是主要病因，因为阴茎皮肤没有正常附着于深层筋膜，而是呈松弛状态，致使阴茎隐匿与皮肤中，此外肉膜筋膜发育不良，失去弹性，进而会限制阴茎的伸展，可能也是引起本病的病因之一，这种情况被称为先天性埋藏阴茎。
肥胖：肥胖青少年的下腹部脂肪堆积，使阴茎深藏于皮下也属于隐匿阴茎，但其在发育成熟、脂肪组织减少后，阴茎可恢复正常状态，这被称为伴有肥胖的隐匿阴茎，当然部分此类患者可有其他病因同时存在。
阴茎勃起导致伤口裂开：有些患者性功能亢进，受到一点点刺激就会勃起，这也是伤口总不愈合的病因之一，这种患者可遵医嘱服用镇静药物，防止阴茎勃起造成伤口裂开。
包皮和阴茎头感染：包皮和阴茎头感染是一种发病率极高的阴茎炎症，多见于包皮包茎者。这种感染常是由于不洁性交而感染了细菌、真菌、滴虫、衣原体、支原体等病原体。感染引发的炎症可以导致包皮出现水肿、充血、糜烂并形成浅表溃疡，并最终使包皮口出现瘢痕挛缩，皮肤失去弹性和扩张能力，包皮无法向上退缩露出阴茎头。
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