长期服用西地那非可能引发头痛、视觉异常、心血管风险等副作用，需在医生指导下控制剂量。
西地那非通过扩张血管改善勃起功能，常见副作用为血管性头痛和面部潮红。药物作用导致颅内血管扩张可能引发持续性钝痛，建议减少咖啡因摄入并使用对乙酰氨基酚缓解。潮红反应与面部毛细血管扩张有关，冷敷可减轻症状，严重者需调整至25mg低剂量。
约3%使用者出现蓝视症或光敏感，与药物抑制PDE6酶影响视网膜感光细胞有关。症状多出现在用药后2小时内，避免强光环境可缓解。合并青光眼患者需警惕眼压升高风险，必要时改用他达拉非等PDE5选择性更高的药物。
胃部不适和消化不良发生率约7%，与平滑肌松弛延缓胃排空相关。建议餐后2小时服药，避免高脂饮食加重症状。奥美拉唑等抑酸剂可缓解胃部灼烧感，持续腹泻需考虑更换为伐地那非。
合并冠心病者用药后可能出现心悸或血压波动，硝酸酯类药物联用会导致致命性低血压。用药前需进行运动负荷试验评估心脏耐受性，血压低于90/60mmHg时应禁用。建议首次使用在医院监护下进行。
长期每日使用可能产生心理依赖，导致自然勃起功能减退。建议每周不超过2次，配合盆底肌训练改善血流。突然停药可能引发焦虑，应采用渐进式减量法，从100mg逐步降至25mg。
日常需控制高脂肪饮食减少肝脏代谢负担，深海鱼油可辅助改善血管内皮功能。快走、游泳等有氧运动每周3次能增强药物效果。用药期间避免葡萄柚汁防止药物浓度骤升，定期检测肝功能与视力。出现持续4小时异常勃起需立即就医，防止阴茎组织坏死。