大量补液是公认的预防结石形成的方法。有研究表明，大量饮水可增加患者尿量，显著降低尿草酸钙饱和度。该研究包括199例复发性草酸钙结石患者，随机分成实验组和对照组，实验组给予大量补液，保证尿量≥2L每天，对照组正常摄入液体。跟踪随访五年后发现，实验组平均尿量是对照组的2.5倍多，结石复发率比对照组降低一半（12%vs27%；P=0.008），复发时间较长（39个月vs25个月；P=0.016）。但是，并非所有的液体都可降低结石形成风险。研究发现，咖啡、茶、啤酒、葡萄酒和橙汁可降低结石形成风险，含糖饮料和碳酸饮料可增加结石形成风险。柑橘类水果和果汁是否可降低结石形成风险具有争议性。
目前为止，仅有一篇长期RCT研究以结石复发率作为主要研究终点。该随机试验包括1009例首次患有结石的男性患者（自述每天至少摄入160毫升苏打水[含糖碳酸饮料]），随机分为两组，实验组禁止饮用苏打水，对照组维持正常饮食习惯。结果发现，实验组3年内结石复发率低于对照组（58.2%vs64.6%；P=0.02）。但是该研究结果在其他研究中未被证实。究竟哪种液体可显著降低结石形成，尚无确凿证据。
钙
高钙尿症是结石最常见的并发症，约占患者的30%-60%。钙摄入量与钙结石形成风险的相关性十分复杂。一随机对照试验对120例并发高钙尿症结石男性患者进行研究，随机给予低钙饮食和正常钙饮食、低盐、低动物蛋白饮食。跟踪随访五年后发现，低钙饮食组患者结石复发率高于正常钙饮食组（38%vs20%；相对危险度0.49，95%置信区间0.24-0.98；P=0.04）。两组尿钙都有减少，但低钙饮食组尿草酸盐增加（7.2mg/天），正常钙饮食组下降（5.4mg/天）。但是，该研究并未评估低钙饮食是否是结石复发的独立因素。
三大前瞻性队列研究（男性医护人员组、老年护士组和年轻护士组）探讨了结石形成风险与各种食物、饮料和补充剂摄入量的相关性。早期研究发现，高钙摄入可降低结石风险。但是，男性队列组长期随访结果显示，钙摄入量与60岁以下男性患者结石形成呈负相关关系（相对危险度0.69，0.56-0.87；P=0.01），但未发现与60岁以上男性患者结石风险具有相关性。
钙可在肠道内与草酸盐结合形成经粪便排出的不溶性复合物，从而影响结石形成和复发率。钙摄入不足可导致草酸钙形成减少、肠道吸收草酸盐过多。
妇女健康倡议（WHI）研究结果显示，钙补充剂可诱发结石形成。该研究包括39282例无结石史的绝经后妇女，随机给予1000mg钙补充剂和400IU维生素D或安慰剂。虽然该研究的主要研究终点是髋部骨折率，但研究人员对不良事件发生率（包括结石症）也进行了相关研究。钙补充剂和维生素D组肾结石发生率比对照组高17%（风险比1.17，1.02-1.34）。但不能确定受试者基线特征或饮食习惯是否是肾结石风险增加的原因。
草酸盐
高草酸尿症是草酸钙结石形成危险因素，可增加尿草酸钙饱和度。尿液草酸浓度受多种因素影响，包括遗传性疾病（原发性高草酸盐尿症）、膳食钙和草酸摄入量、胃肠道解剖学和功能完整性以及草酸盐降解菌。
饮食和内源代谢可影响尿液草酸浓度，具有个体差异性。虽然结石患者和非结石患者草酸摄入与结石形成的影响无统计学差异，但有研究报道称，高草酸尿症结石患者肠道对草酸盐的吸收增加。但是，尚无研究报道低草酸盐摄入与草酸钙结石形成风险的相关性。然而，高草酸尿复发性草酸钙结石患者应避免摄入高草酸食物。
肠切除术或胃肠道吸收不良可导致慢性腹泻从而诱发肠源性高草酸盐尿症。脂肪酸和胆汁盐吸收不良，导致肠道内草酸钙形成减少，脂肪酸钙形成增加。肠道内草酸盐增加可导致肠道草酸重吸收增加，引起高草酸尿症。降低尿液草酸的饮食疗法包括：减少脂肪摄入、降低高草酸食物摄入量、食用低脂奶制品。
草酸生物合成途径相关酶减少可导致草酸水平显著升高、草酸钙结石形成和草酸盐沉积症。I-III型原发性高草酸尿症中，肾功能衰竭最常见于I型原发性高草酸尿症。I-III型原发性高草酸尿症都需严格控制草酸摄入。
肠道食草酸杆菌定植—革兰氏阴性厌氧菌，草酸是其惟一的碳源和能源，属正常肠菌群—也可影响尿液草酸浓度。肠道食草酸杆菌定植减少可导致肠道内草酸降解能力降低、草酸分泌减少。一病例对照研究探讨了食草酸杆菌与结石形成的相关性，研究包括247例复发性草酸钙结石患者和259例正常患者。结果发现，食草酸杆菌定植与复发性草酸钙结石形成显著负相关，但食草酸杆菌定植患者和非定植患者的平均尿液草酸浓度无统计学差异。其他可升高尿液草酸浓度的因素有：姜黄、蔓越莓汁或蔓越莓片和维生素C补充剂（因维生素C是草酸的代谢产物）。流行病学研究表明，维生素C可增加结石形成风险。维生素B6—乙醛酸经丙氨酸乙醛酸转氨酶（AGT）转化为甘氨酸的辅助因子—可减少尿液草酸排泄。大型队列研究表明，维生素B6摄入量与结石形成风险呈负相关关系。维生素B6联合饮食结构调整，可降低高草酸尿症结石患者尿液草酸浓度。
枸橼酸
尿枸橼酸盐可与尿钙结合、降低钙离子浓度；抑制草酸钙和磷酸钙晶体生长和聚合从而抑制钙性结石形成。肾脏枸橼酸排泄主要由酸碱平衡调节；酸中毒可降低肾小管分泌和排泄枸橼酸盐，碱中毒可增加肾小管分泌和排泄枸橼酸盐。远端RTA和慢性腹泻等疾病，以及药物如碳酸酐酶抑制剂，可导致代谢性酸中毒诱发低枸橼酸尿症。
水果和蔬菜属碱性食物可促进尿枸橼酸排泄。有研究曾报道过各类柑橘汁与尿枸橼酸的相关性。结果表明，橙汁含有丰富的钾，可促进尿枸橼酸盐排泄。柚子汁可导致尿枸橼酸浓度轻度升高，尿液草酸浓度增加，两者影响可相互抵消。柠檬水与尿枸橼酸的相关性具有争议性。目前尚未有RCT研究报道这些果汁与结石复发率的相关性。
流行病学研究表明，饮食习惯类似“终止高血压膳食疗法”(DASH)—多吃蔬菜和水果—的人群，肾结石发病率降低。一病例对照性研究发现，调整多变量因素后实验组24h尿枸橼酸排泄比对照组高16%；尿pH值和钾升高与DASH饮食具有显著相关性。
钠
钠可增加尿钙排泄、降低尿枸橼酸浓度，从而影响结石形成风险。高钠摄入可降低近端肾小管重吸收钠，减少肾小管对钙的重吸收。一短期（3个月）RCT研究，将210例伴高钙尿症钙结石患者随机分组，分别给予低钠饮食和正常饮食。结果发现，两组患者尿钙都有减少，但低钠饮食组平均尿钙浓度低于对照组（271[标准差86]mg/天vs361[129mg/天]；P<0.001）。低钠饮食组有62%的患者高钙尿症得以治愈，对照组为34%（P<0.001）。
控制钠摄入量也是患者也胱氨酸尿症结石患者的重要预防措施。小代谢研究报道表明低钠饮食可导致尿胱氨酸排泄降低。
蛋白
动物蛋白可影响尿液pH值、尿钙浓度和尿酸浓度从而影响结石形成风险。动物蛋白含有丰富的氨基酸，可导致尿液pH降低和低枸橼酸尿症。此外，饮食酸负荷可增加骨重吸收或降低肾小管钙重吸收导致高钙尿症。尿酸是嘌呤代谢的代谢终产物，而动物蛋白又是嘌呤的主要来源。AUA肾结石临床医学管理指南和EAU尿石症临床指南建议高尿酸草酸钙结石和尿酸钙结石患者应限制非乳制品动物蛋白的摄入。