经常补肾可能对身体产生负面影响，健康人群无须刻意补肾。盲目补肾可能导致内分泌紊乱、加重肝肾负担、掩盖潜在疾病、引发药物依赖、干扰正常生理功能。
长期服用补肾药物可能干扰下丘脑-垂体-性腺轴调节机制，打破体内激素自然平衡。部分补肾药材含类激素成分，可能抑制自身睾酮分泌功能，导致停药后性功能反弹性下降。中老年男性滥用补肾药物可能出现乳房发育等雌激素化体征。
肾脏作为主要代谢器官，需分解处理补肾药物中的活性成分。常见补肾中药如肉苁蓉、淫羊藿含多种生物碱，长期服用可能加重肾小球滤过负荷。肝功能异常者服用动物性补肾药材时，其高胆固醇特性可能诱发脂肪肝病情恶化。
将勃起功能障碍简单归因于肾虚可能掩盖糖尿病、心血管疾病等原发病。临床常见患者自行服用补肾药物数年，实际存在垂体瘤导致的促性腺激素不足。前列腺炎患者错误补肾可能加重盆腔充血，延误抗生素规范治疗时机。
部分补肾中成药添加西地那非等磷酸二酯酶抑制剂，长期使用可能导致心理性依赖。动物实验显示持续使用补肾类药物可能下调阴茎海绵体一氧化氮合酶活性，形成药物性勃起功能障碍。部分患者出现停药后焦虑等戒断反应。
健康男性睾酮分泌存在昼夜节律，外源性补充可能抑制睾丸间质细胞功能。青少年过早补肾可能加速骨骺闭合影响身高发育。运动员滥用补肾药物可能违反反兴奋剂条例，且增加心肌肥厚风险。
建议存在腰膝酸软、性功能减退等症状时，先进行血清睾酮、甲状腺功能等医学检测。日常可通过深蹲、硬拉等抗阻训练促进天然雄激素分泌，适量食用牡蛎、坚果等富锌食物。保持规律作息与适度运动比药物补肾更有利于男性健康，必要时应在男科医师指导下进行规范治疗，避免听信民间偏方。冬季可适当食用羊肉、黑豆等温补食材，但每年持续补肾不宜超过三个月。