包茎的危害远比包皮过长要大，对患者自己和其妻子的健康都会有一定的影响。如：
阻碍发育：有了包茎，阴茎与龟头发育常受限制，由于发育受约束，从外表看似小阴茎。
感染：尿中之沉积物与尿垢积于包皮内，成为细菌培养剂，或因刺激而致感染发炎、并导致包皮粘连，严重时还会造成不育。
阻塞：由于包皮之口过小，先在包皮腔鼓胀然后排空。排尿困难时，发生返压（BackPresse）的现象。膀胱壁较弱处，因压力高而使之突出，形成膀胱憩室；此种憩室，壁甚薄，易受外伤而破裂，情况严重而时间较长的病人，会引起输尿管扩张及肾盂积水。因排尿困难，腹压增加，可能有肛门脱出或形成疝气等，有时出现“憩室性双重排尿”。
结石：由于发炎之后，粘膜上皮细胞脱落，作为中心核，外围因垢而形成包皮结石。父母发现孩子包皮腔有小硬块大多感到十分焦虑，其实，只要稍经扩开包茎环处理，即可取出结石。
性病：包皮过长或包茎由于内板和龟头经常处在潮湿环境下，易患尖锐湿疣、淋病等性病，且因局部不能得到彻底清洗，还容易使妻子也患上同男性一样的性病。
包茎引起阴茎头的慢性炎症也常常是阴茎癌的重要病因，所以，除了儿童的生理性包茎外，病理性包茎应该积极手术治疗。
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