安全套能有效降低性传播疾病感染风险，主要预防艾滋病、淋病、衣原体感染、尖锐湿疣、生殖器疱疹等病原体传播。
乳胶或聚氨酯材质的安全套可阻隔精液、阴道分泌物与皮肤黏膜直接接触，减少病原体交换。正确使用下对艾滋病病毒的阻隔率达85%以上，对淋病奈瑟菌等细菌性病原体的防护效果更显著。
安全套未覆盖的阴囊、会阴等部位仍可能通过皮肤接触传播人乳头瘤病毒、生殖器疱疹等疾病。梅毒螺旋体也可通过安全套未保护的皮肤破损处侵入，需配合定期检测。
中途佩戴、尺寸不合、存放不当导致破裂等情况会大幅降低防护效果。研究显示规范使用可使衣原体感染风险降低90%，但实际使用中失误率高达15%-30%。
艾滋病病毒直径约120纳米，能被标准安全套有效阻隔；而45纳米的人乳头瘤病毒可能透过微小孔隙，导致安全套对尖锐湿疣的防护有效率约为70%。
阴虱、疥疮等寄生虫通过皮肤接触传播，安全套防护无效。乙肝病毒虽存在于精液，但疫苗接种仍是主要预防手段，安全套仅作为补充措施。
建议将安全套作为基础防护措施，配合定期医学检测和疫苗接种形成多重保护。性行为后及时清洁外阴，避免共用毛巾等个人物品。若出现尿道分泌物、生殖器溃疡等异常症状，需立即就医并进行伴侣同治。保持单一性伴侣关系可进一步降低疾病传播风险。