长期避孕药在规范使用下安全有效，潜在风险与个体体质、用药方式相关，需关注激素影响、代谢变化、血栓风险、乳腺健康及定期医学评估。
合成雌激素和孕激素可能引起内分泌波动，表现为突破性出血、情绪波动或性欲改变。选择低剂量单孕激素制剂如去氧孕烯，或周期性使用三相避孕药可减少影响。出现严重不适需更换避孕方式。
部分药物可能导致水钠潴留或轻微血糖升高。优先选择屈螺酮炔雌醇等抗盐皮质激素活性制剂，配合每月体重监测。糖尿病患者建议使用铜宫内节育器替代。
雌激素剂量与静脉血栓发生率呈正相关。35岁以上吸烟女性禁用复合避孕药，可改用孕激素皮下埋植剂。长途旅行前建议穿戴弹力袜预防。
激素可能刺激乳腺导管增生，表现为胀痛或结节。每半年乳腺超声检查，选择地诺孕素等抗增殖作用强的孕激素。发现异常包块立即停药就诊。
用药前需评估血压、肝功能及肿瘤家族史。每年复查肝肾功能，服用炔雌醇环丙孕酮者需监测血脂。40岁以上建议逐步过渡到非激素避孕方式。
日常增加深海鱼、亚麻籽等ω-3脂肪酸摄入，每周进行3次有氧运动改善循环。避免同时服用圣约翰草等影响药效的草本制剂。用药期间出现持续头痛、视物模糊或严重腹痛需立即就医，旅行时随身携带药物说明书。哺乳期女性应选择纯孕激素迷您避孕丸，并注意与哺乳时间间隔2小时服用。