安全套无法完全预防HPV、疱疹、阴虱等通过皮肤接触传播的疾病，梅毒和淋病也可能因使用不当导致防护失败。
人乳头瘤病毒通过皮肤黏膜接触传播，安全套未覆盖的生殖器区域仍可能感染。治疗方法包括局部用药咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素、冷冻治疗或激光手术。定期宫颈癌筛查对女性尤为重要。
HSV-2病毒通过疱疹溃疡或无症状排毒期传播，安全套无法完全阻断病毒。抗病毒药物如阿昔洛韦、泛昔洛韦可控制症状，发作期间需避免性接触。保持患处清洁干燥能加速愈合。
这种寄生虫通过阴毛区域直接接触传播，安全套无法防护。使用扑灭司林洗剂或氯菊酯乳膏杀灭虫体，需同时高温消毒衣物床品。剃除阴毛可辅助清除虫卵。
安全套破损或未覆盖的硬下疳病灶可能导致传播。青霉素G是首选治疗药物，对青霉素过敏者可选用多西环素。早期治疗可完全治愈，晚期可能遗留器官损害。
安全套使用不当可能造成尿道或直肠黏膜暴露。头孢曲松联合阿奇霉素是标准治疗方案，耐药菌株需根据药敏结果调整。性伴侣需同步治疗防止重复感染。
日常补充维生素C和锌元素有助于增强黏膜免疫力，凯格尔运动能改善盆腔血液循环。选择水溶性润滑剂可降低安全套破损率，性行为后及时用温和洗剂清洁外阴。定期进行HIV、梅毒等血液检测，与固定伴侣保持坦诚沟通。储存安全套需避光防潮，使用前检查有效期和包装完整性。