原发性疾病通常比继发性疾病更容易治疗，因其病因明确且可直接干预，治疗手段包括药物控制、手术修复、生活方式调整、心理干预、定期监测。
原发性疾病指独立发生的病理状态，如原发性高血压或糖尿病，病因多与遗传、自身免疫或代谢异常相关。继发性疾病由其他疾病或外部因素引发，如肾性高血压或药物性肝损伤，需先处理原发病因。治疗上，原发性疾病可通过降压药如氨氯地平、降糖药如二甲双胍直接控制；继发性疾病需针对原发病治疗，如肾动脉狭窄需血管成形术。
原发性疾病多为慢性病，需长期管理但方案稳定，例如甲状腺功能减退者终身服用左甲状腺素钠。继发性疾病治疗周期取决于原发病进展，如肾上腺肿瘤导致的库欣综合征，需切除肿瘤后观察激素恢复情况，疗程可能长达数月。
原发性疾病早期干预后预后较好，如原发性痛经通过布洛芬或短效避孕药可有效缓解。继发性疾病预后受多重因素影响，如继发性不孕若由输卵管堵塞引起，即使手术疏通如宫腹腔镜联合术，仍可能因盆腔粘连复发影响效果。
原发性疾病常规用药成本较低，如原发性高尿酸血症患者服用非布司他年费用约千元。继发性疾病可能需多项检查如基因检测、影像学和联合治疗，如继发性骨质疏松因长期服用糖皮质激素导致时，需双膦酸盐药物联合钙剂，年费用可能超万元。
两类疾病均需生活方式调整，但原发性疾病更依赖日常习惯。原发性肥胖需控制每日热量摄入如采用地中海饮食和每周300分钟有氧运动；继发性肥胖若由垂体瘤导致，需在切除肿瘤后逐步调整代谢。
饮食上建议两类疾病患者均增加膳食纤维燕麦、西兰花和优质蛋白鱼类、豆制品，避免高盐高糖。运动推荐快走、游泳等低冲击项目，每周3-5次。护理重点包括定期检测血压血糖、记录症状变化，继发性疾病患者需特别注意原发病相关指标复查。心理支持对慢性病患者尤为重要，可加入病友社群或接受认知行为疗法。