莲藕内部发黑可能由氧化反应、微生物感染、储存不当、机械损伤或品种特性引起。
莲藕含多酚类物质，切开后接触空气发生酶促褐变导致发黑。处理方法包括将切好的莲藕立即浸泡在清水或淡盐水中，或滴入少量白醋抑制氧化。烹饪前用沸水焯烫10秒也能有效减缓变色。
莲藕在潮湿环境中易受霉菌或细菌侵蚀，内部出现黑斑并伴有异味。发现霉变需整根丢弃，轻微感染可切除病变部位后充分加热。储存时保持干燥通风，温度控制在5-8℃可预防霉变。
低温冻伤或高温潮湿环境会导致细胞坏死变黑。选择完整无伤的莲藕，用报纸包裹后冷藏保存不超过7天。已切开的需用保鲜膜密封，避免冷藏室冷凝水渗入。
采收运输中的碰撞会使内部组织受损氧化。购买时选择表皮光滑、无凹陷的莲藕。轻微黑斑可削除后食用，若伴随发酵气味则需丢弃。
部分紫莲藕品种含花青素，煮熟后自然呈现灰黑色属正常现象。区分病理性与品种性发黑可通过观察横截面，品种性发黑均匀无腐坏气味。
日常食用建议选择当季新鲜莲藕，避免购买已去皮的预包装产品。烹饪时可搭配酸性食材如番茄、柠檬汁延缓氧化，红烧做法可先用油煸炒锁住色泽。储存期间定期检查，出现大面积黑变或黏液需立即处理。适当食用莲藕有助于补充膳食纤维和维生素C，但脾胃虚寒者不宜过量生食。