决定婴儿性别的因素是性染色体。经过减数分裂后形成的精子和卵子中各包含有23个染色体，故当精子与卵子结合时，来源于双方的23个染色体，结合成一对一对的形式，其中22对染色体决定了新生儿身上的一切性状，另一对染色体则决定性别。
卵子中的性染色体是X染色体，而精子中的性染色体可以是X染色体，也可以是Y染色体。所以若有X染色体的精子与卵子结合，则受孕胎儿的性染色体就成了XX型，即为女性婴儿;若含有Y染色体的精子与卵子相结合，则受孕胎儿的性染色体就是XY型，即男性婴儿，可见决定男孩子性别的性染色体，是来自父亲精子中所含的染色体Y。
近年来人们通过观察还发现了不少影响胎儿性别的其他因素。比如金属元素可影响性别;阴道酸碱度可影响X精子和Y精子的活动，从而影响胎儿性别;病毒、温度、战争、胎次以及营养情况都有可能影响胎儿的性别。
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