1、非特异性慢性骨盘炎多有分娩、流产、急性骨盘炎病史，月经量一般多闭经极少见的生殖器结核多为不孕、月经量减少甚至闭经，骨盘检查时可接触结节。
2、慢性输卵管炎的临床表现为月经异常、下腹隐痛、腰骶痛、不育等，应与结核性输卵管炎鉴别。慢性输卵管炎多有分娩、流产后急性盆腔炎史、月经量较多，而表现为闭经者较为少见，没有其他结核性输卵管炎典型检查所见，子宫内膜活检无结核病灶。
3、子宫内膜异位症有继发性进行性痛经，经量较多。腹腔镜检查多能确诊。
4、卵巢肿瘤附件包块表面有结节感或乳头状突起，应与卵巢癌进行鉴别。可通过腹腔镜检查或剖腹检查确诊。
5、输卵管癌和输卵管结核肿块在妇科检查中阴道排出黄色或血性液体，数量多时，应考虑输卵管癌。剖腹探查时将标本送病理检查可明确诊断。
6、输卵管妊娠临床上表现为停经、腹痛等易与输卵管结核相混淆。一旦输卵管妊娠破裂或流产时，即有内出血症状。做血尿妊娠试验b型超声检查、诊断性刮宫有助于明确诊断。