要诊断男性不育症的一般程序：首先应明确是男性不育还是女性不孕或双方都患有不育疾病；如果是男性不育，应弄清男性绝对不育还是相对不育，是原发不育还是继发不育；最后应查明男性不育的原因
男性不育症的检查和诊断方法一般有详细询问病史、体格检查、实验室检查、影像检查、其他检查等。
首先，医生会详细而完整地搜集病史，是确定诊断思路的重要依据。一般应从婚姻生育史、性生活史、传统病史、家庭病史等几个方面进行查询。其次，检查包括身高、体重、体态、外形肥胖程度包括先天性睾丸畸形、损伤和发育不良等男性不育鉴别诊断，同时可做前列腺按摩采取前列腺液送化验室检查。
接下来是实验室检查，排除例如附睾炎、精囊炎、泌尿生殖道炎症、前列腺炎症等细菌感染的因素。另外，精液检查是诊断男性不育症的重要检查项目，它能反映睾丸产生精子的质量，精道的畅通性和附睾腺的分泌功能。
自我调查可以发现警告信号
男性不育的原因主要集中在遗传、性激素异常、精索静脉曲张、生殖道感染、睾丸、不良生活习惯、外部污染等几个方面。如果男性知道简单的生育知识和自我测量方法，就可以进行有效的自我调查。
如果沿精索自上而下轻轻触摸，发现阴囊内有大团的蚯蚓状柔软迂曲的团块，那就要注意了，这可能是精索静脉曲张。使睾丸温度上升，静脉血瘀影响睾丸代谢，干扰生精，精液质量下降。
如果睾丸肿胀、疼痛，缓解后睾丸逐渐缩小，睾丸扭转或睾丸炎症后可能会损伤性萎缩。
观察精液也能部分反应生育能力。正常精液为灰白色或略带黄色。如果出现粉色、红色，则为血性精液。正常精液量为2~6毫升，超过7毫升过多，不仅精子密度低，而且容易从女性体内流出，精子总数下降。精液总量不足2毫升，精液量少，1毫升以下过少，容易不育。一般精液注射后，15-30分钟变成液体，超过30分钟也无法改变形态，临床称精液不液化，也是不育的诱因。