生殖器疱疹好发部位主要是女性的宫颈口、阴道、外阴口及尿道口；男性则存在于阴茎和尿道口，基本侵犯腰以下的皮肤和粘膜处。
分为：原发性疱疹和复发性疱疹。
一、原发性生殖器疱疹
首次感染病毒而发病，称原发性生殖器疱疹。潜伏期:3-5天，感染处先有灼烧感，很快在红斑的基础上发生成群的红色小丘疹，伴有微痒，很快变成水疱或是丘疱疹，重症患者皮损在3-5天后可变成脓疱，而后形成成片的糜烂和溃疡，有疼痛感，最后结痂。
全身症状明显：可有发热、头痛、不适，白带增多，排尿困难，局部淋巴结肿大等。
二、复发性生殖器疱疹
原发性生殖器疱疹痊愈后的第一年发作频率高，以后逐渐减少。一般在原发疹愈后1-4周内复发。
复发的诱因可能为：发热、月经来潮、性交、情绪激动、消化不良，及气候变化等。
发作时先有前驱症状，如局部有较轻的麻刺感、疼痛或是痒感，全身症状不明显，损害处为水疱或是脓疱，以后溃疡、结痂，10天左右痊愈，一般愈后无疤痕。