1.恶心：用紧急避孕的女性恶心发生率最高，约为50%；左炔诺孕酮次之，约为20%；米非司酮最低，约6%～7%。恶心一般持续不超过24小时。
2.呕吐：用Yuzpe法进行紧急避孕的妇女约有20%发生呕吐；左炔诺孕酮约5%；米非司酮约1%。与食物同时服用或睡觉前服药可以减少恶心、呕吐的发生率。如果在口服紧急避孕药后1小时内呕吐，应该尽快补服次。
3.不规则子宫出血：有些女性用药后会有些X点滴出血，一般无须处理，但要让用药者了解此种情况，做好用药前后的咨询、宣教。
4.月经改变：多数妇女月经会按时来潮，也有一部分妇女月经提前或延迟（服用毓婷可导致经期紊乱）。如果月经延迟一周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
5.其他：乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿斯匹林或其他止痛药对症处理。
6.乙肝女性尽可能少用毓婷。
需要强调的是，由于服用紧急避孕药，会影响月经周期，因而在随后的几个月中计算安全期会有所障碍。女性在此之后尽量使用效率高的避孕方法，而不要再冒险、严重的会导致不育。
这些副作用一般在24小时内消失。