一、阴茎发育不良和阴囊后阴茎
阴茎发育不良极为少见（文献中至今只报道了３６例），而且可伴发其它泌尿生殖器官的异常和肠道下部异常此种异常系外生殖器胚胎发育中的障碍所造成，目前尚无满意的药物或手木治疗能使其阴茎具备完善的功能，因此应当果断地决定将其性别确定为女性，并用手术切除其睾丸，作人工阴道成形术于青春期时开始应用雌激素，以促进其形成女性习惯和第二性征。
发生于阴囊后的阴茎（即“阴囊后阴茎”），其表现开始时和阴茎发育不良十分相似文献中已经报道的阴囊后阴茎病人共１５例此种病人也可伴有尿道异常：阴茎在解剖上可能是正常的，但其位置却是异常的这也可能反映了不同程度的胚胎发生障碍对部分病入来说，应用外科手术可能将阴茎复位于阴囊前部。
二、双阴茎
双阴茎是一种少见的男性外生殖器异常，估计每出生５５０万人仅出现１例双阴茎者Wilson１９７３年在一篇综述中引证了１０８例此种病人典型的双阴茎患者，仅有一个阴茎有功能，并有尿道，因此，只有在给病人进行详细的泌尿系检奎，弄清尿道开口以后，才应作适当的外科手术治疗。
三、小阴茎
虽然许多父母对自己孩子阴茎的大小都很关心，但实际上小阴茎并不常见严格地说，小阴茎是在胚胎中形成的，它主要表现为大小的异常，而并非形状的异常小阴茎的尿道口位置是正常的，可区分阴茎的头部和体部；睾丸的大小可能是正常的小阴茎的病因尚不清楚，不过有时似乎与妊娠后第４～９个月期间雄激素分泌不足有关在某些情况下，小阴茎也可出现于其他疾患中，这些疾患表现为下丘脑或垂体的异常（例如无脑畸形，先天性垂体缺如，Prader-Willi氏综合症，Kallman氏综合症和Meckel氏综合症）或是睾丸异常，或是染色体异常；而另一些小阴茎病人也可见于健康婴儿。
鉴于小阴茎可能对成长中的儿童造成心理上的影响，因此局部应用１％的睾丸酮霜治疗约３～６个月，是—种可取的方法，此种治疗常可使阴茎发育到中等大小如果此方法疗效不满意，则可考虑肠道外给予睾丸酮治疗３个月；据报告，这样处理可促进阴茎生长，而仅有短暂的促进骨骼生长作用及轻度的男性化作用然而，应当强调指出，在儿童期应尽量避免使用过多的雄激素，因为雄激素治疗引起的骨髋过早愈合可能会限制以后的长骨生长Money和Mazur二氏最近报告，应用幼年型可弯曲的塑料阴茎给一名９岁的小阴茎患者植入获得成功这一手术已使该患儿能够站立排尿，因而使其增强了自尊心。