部分粗粮可能因食用方式不当或特殊体质影响健康，常见需谨慎的粗粮包括高粱、荞麦、糙米、玉米、燕麦五种。主要风险因素有消化负担、抗营养因子、升糖指数、过敏原、矿物质吸收干扰。
高粱含单宁酸会抑制铁、锌吸收，长期大量食用可能引发贫血。胃肠功能较弱者易出现腹胀腹痛，建议与维生素C丰富食物搭配食用降低单宁影响。糖尿病患者需注意其升糖指数较高的问题。
荞麦中的芦丁成分可能诱发光敏性皮炎，皮肤敏感人群需谨慎。其粗纤维含量过高会刺激肠黏膜，炎症性肠病患者可能出现腹泻。部分人群对荞麦蛋白过敏，表现为皮肤瘙痒或呼吸道症状。
糙米表层植酸阻碍钙镁吸收，生长发育期儿童及骨质疏松人群不宜长期单一食用。残留米糠可能携带重金属，建议选择有机种植产品。烹饪不当易造成消化不良，需提前浸泡并充分煮沸。
玉米难溶性膳食纤维增加肠道蠕动负担，肠易激综合征患者可能加重腹痛。霉变玉米含强致癌物黄曲霉素，存储不当会产生毒素。高嘌呤特性使痛风患者需控制摄入量。
燕麦麸皮中的β-葡聚糖可能引发肠胀气，术后恢复期患者应慎用。即食燕麦经过深加工后升糖指数显著升高，不利于血糖控制。部分品牌添加糖分和植脂末会抵消其健康效益。
粗粮食用需遵循个体化原则，建议将每日粗粮摄入量控制在主食总量的1/3以内。消化功能欠佳者可选择发酵粗粮制品如全麦馒头，或采用破壁处理降低纤维硬度。搭配优质蛋白质和新鲜蔬菜能提高矿物质吸收率，避免与浓茶、咖啡同食减少营养干扰。特殊人群如孕妇、术后患者应在营养师指导下调整粗粮种类和烹饪方式，定期监测相关营养指标。