人类免疫缺陷病毒（HIV）感染
1994年，有人写了一篇关于通过流行病学调查的环切与HIV感染危险性的关系的综述，当时共有30篇相关的调查结果，其中26篇为跨地域性的，18篇来自6个国家的调查表明它们在统计学上有明确的关系，4篇来自4个国家的调查表明有此趋向，4篇来自2个国家的调查表明没有关系，还有2篇前瞻性的和生态学上的调查表明有明确的关系。从那时起，作者又认可了另外11篇跨地域和5篇前瞻性的调查，在这11篇跨地域的调查中，有8篇调查结果说明包皮的存在与HIV感染有明确的统计学上的联系，1篇认为有此趋向，1篇认为两者无关，另1篇则认为环切将增加HIV感染的危险性。据我们所知，后1篇调查是此类论述中唯一持此观点的，即除外其他潜在不确定的因素后，环切会增加HIV感染的可能性。
不同的性经历或卫生习惯使环切与感染HIV的关系变得含糊了。例如，那些常规行环切的种族与那些不行环切的可能有不同的性行为，因此，感染HIV危险性的差异可能是由于性行为的差异而不是因为是否环切。乌干达的一项研究表明，尽管环切与非环切男性的卫生习惯无不同，但不论男女均感到要保持非环切男性生殖器的清洁是比较困难的。如何解释生殖器卫生与HIV的感染及其它生殖器感染的关系，尚需进一步的研究。
在大多数流行病学的观察中，环切可使HIV感染的机率降低2-3倍，但事实上可能下降得更多。
性传播疾病（STD）
包皮与除HIV感染之外的性病之间的关系是复杂的，并因个人的性病不同而变化，至少有11项调查充分说明缺少环切与溃疡性性病有关系（特别是软下疳、梅毒）。至今尚未发现1项有统计学意义的，说明环切增加性病的危险性或两者无关系的调查。对于生殖器疱疹，2项调查表明与缺少环切有明显统计学上的关系，4项表明没有关系。对于淋病，5项表明有关，2项无关。对于衣原体的，非淋球菌的或其它种类的尿道炎，2项表明有关，3项表明有负相关。对于生殖器疣，有关、无关、负相关各1项。另外，还有调查说不切除包皮会导致厌氧菌，G（-）杆菌、链球菌、支原体的存在，这些病菌可能传给女性，导致细菌性阴道病综合症。尽管这些调查结果不完全一致，但缺乏环切与软下疳、梅毒、生殖器疱疹及淋病的关系是被肯定的，只是非淋球菌性尿道炎和生殖器疣与环切的关系尚无定论。
阴茎癌
在1989年的美国儿科学会有关环切的专家组的一篇综述中，来自北美的5项主要关于阴茎癌的调查证实所有患阴茎癌的男性均没有在新生儿期施行环切（新生儿期以后再行环切，可能对预防环切没有明显的作用）。非洲也有类似的报告。没有环切的男性可能由于人乳头状病毒（HPV）导致对阴茎癌敏感性的增加。北美1项最近的调查结果发现阴茎癌与新生儿期不行环切有明显的关系。法国1项跨地域的调查发现阴茎上皮内的瘤细胞增生（PIN），对于一些男性而言，是阴茎癌的先兆，也与缺乏环切有关。尽管争论上升到改善卫生条件将会降低患阴茎癌的危险性，但对此尚无科学的证据。在美国，每年据估计约有750~1000人患阴茎癌，几乎均发生于出生后未行环切的男性，死亡率可高达25%。新生儿施行环切可使阴茎癌的发生率降低至少10倍以上，但对此观点尚有争议，那就是既然多数病例是发生在50岁以上的男性，且本病的发病率很低（在北美未环切的男性中约为每年2/100000），则新生儿环切不可能是预防阴茎癌的唯一有效措施。
尿路感染
1993年，有人对文献中报告的关于男性婴儿缺乏环切与尿路感染危险性的调查进行了分析。9项调查已经证实，其中6项是回顾性的，3项是前瞻性的，这些调查均表明，未环切的婴儿比环切的易患尿路感染，关于年长儿童及成人也有类似的报道，这可能与包皮有细菌黏附有关。
宫颈癌
宫颈癌几乎可以说是性传播疾病，由HPV引起。生态学上有大量证据表明，性伴侣若为非环切男性则易患宫颈癌，若为环切男性则发病率相对降低。另外，来自印度的1项调查报告说，在一生只有一个性伴侣的女人中，宫颈癌的发生与丈夫婚后一年内不行环切有明显的关系（危险系数RR：4.1）。尽管宫颈癌，阴茎癌差不多是同一病原体所引起的，且阴茎癌与包皮的存在有明确的关系，但就宫颈癌而言，男性性伴侣行环切是否有预防作用，尚有待证明。