引起前列腺炎的真菌感染以酵母菌最为常见，其中念珠菌属的白色念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、类星型念珠菌、热带念珠菌、高里念珠菌等是比较常见的菌种。此外，也有新生隐球菌感染引起前列腺炎的报道。
真菌感染的主要原因是长期大量使用抗生素以及人类饮食结构的改变。许多人由于各种各样的原因而长期大量地服用抗生素，造成了许多组织器官内的正常菌群被大量杀灭，而真菌对抗生素是不敏感的，因此得以在很“充裕”的空间和营养条件下“放肆”地大量繁殖，让人们饱尝各种各样的痛苦与难受。由于生活水平的不断提高，人们的饮食习惯也有所变化，一些人的饮食已经从肉类和脂肪逐渐转移到富含碳水化合物的食品，而长期大量食人糖类食品可以促进真菌感染的发生。
真菌感染的医源性因素变得越来越重要，尤其是近几十年来的长期不规范使用或滥用抗生素的情况下常可发生黄曲霉菌、青霉菌、单孢子菌等多种真菌感染引起前列腺炎的情况。真菌感染通常为寄生于尿道菌群的内源性感染，在菌群失调情况下也可发生外源性感染或继发感染。真菌感染前列腺后常常形成隐性感染，但在混合感染或机体抵抗力降低等情况下可转变为显性感染，并以引起慢性前列腺炎为最常见。