1.慢性尿道炎或膀胱炎：其临床表现与慢性前列腺炎类似，但作前列腺检查可无异常发现。
2.前列腺痛：无实质性病变，表现为会阴部和耻骨上区疼痛和压痛，有排尿障碍等尿路表现。前列腺触诊正常，前列腺液镜检正常，前列腺液及尿液培养无细菌。
3.肉芽肿性前列腺炎，尽管症状、直肠指检易与慢性前列腺炎混淆，但前者进展快，可迅速发生尿潴留，短期内硬结生长较快。需作前列腺活体组织检查鉴别，组织学检查表现为肉芽肿性反应。
4.卡他性前列腺炎或前列腺病(亦称非细菌性前列腺炎)临床症状与慢性前列腺炎很难区别。会阴部疼痛不适，有排尿及性功能障碍等表现。前列腺液检查有多量卵磷脂小体，白细胞增多，但涂片及细菌培养均无细菌生长。
5.前列腺溢液(又称无菌性前列腺炎、前列腺漏或慢性前列腺充血)：大、小便终末有乳白色分泌物从尿道流出，常合并精神症状。但直肠指检、前列腺液镜检均正常，细菌学检查阴性。
6.前列腺癌：晚期可出现尿路症状。直肠指检发现前列腺有坚硬的肿块，表面高低不平。前列腺液涂片、穿刺活检均可发现癌细胞。
7.前列腺结核。症状与前列腺炎相似，但有结核病史。直肠指检前列腺呈不规则结节状，附睾肿大变硬，输精管有串珠状硬结。前列腺液结核杆菌直接涂片或结核杆菌培养可以找l到结核杆菌，前列腺活体组织检查可见结核结节或干酶样坏死。
8.前列腺结石：出现腰骶部、会阴部疼痛及性功能紊乱如阳痿、早泄等症状。直肠指检可扪及前列腺有结石摩擦感，骨盆X线平片有阳性结石阴影，可资鉴别。