安全套能有效预防性传播疾病和意外怀孕。正确使用安全套可以降低艾滋病、淋病、梅毒等性传播疾病的感染概率，同时避免精子进入女性生殖道。
安全套的防病机制主要依靠物理屏障作用。乳胶或聚氨酯材质能阻隔体液交换，防止病原体通过黏膜接触传播。对艾滋病病毒的阻隔率较高，坚持使用可使异性间传播风险降低。针对淋病和衣原体感染，安全套能覆盖易感部位，减少尿道或宫颈黏膜暴露。梅毒螺旋体无法穿透完整的安全套，可避免皮肤溃疡处的直接接触。尖锐湿疣和生殖器疱疹等病毒性疾病，虽然安全套未覆盖区域仍存在感染可能，但能显著降低传播风险。
安全套对某些疾病的防护存在局限性。阴虱和疥疮等寄生虫可能通过安全套未覆盖的皮肤接触传播。人乳头瘤病毒可能通过外阴接触感染，安全套防护效果有限。乙肝病毒若存在于安全套未覆盖的伤口处，仍有传播可能。安全套破裂或滑脱时会完全失去防护作用，存储不当导致材质老化也会影响防护效果。
使用安全套需注意选择合适尺寸，避免指甲或尖锐物划伤。全程正确佩戴，排空储精囊空气，事后及时取下防止滑脱。配合水基润滑剂可减少摩擦破损，不宜使用油性润滑剂。存放于阴凉干燥处，过期的安全套防护性能下降。若发生高危行为或防护失败，应及时就医进行暴露后预防。定期进行性健康检查有助于早期发现潜在感染。
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