尖锐湿疣根据皮疹特点、发病部位、发展情况结合可能询及的接触史，一般诊断不难。亚临床感染可单独或与典型损害并存，可用醋酸白试验或甲苯胺蓝试验帮助确诊。对于潜伏感染可用原位杂交或聚合酶链式反应（PCR）证实。
需要与之相鉴别的病常见的有下述几种：
（1）扁平湿疣：为表现扁平的潮湿的丘疹，常常融合，基底不窄，可找到梅毒螺旋体，梅毒血清学阳性。
（2）女阴假性湿疣：又称女阴尖锐湿疣样丘疹，多见于青壮年。皮疹位于两侧小阴唇内侧面，为群集不融合的鱼籽状或息肉状小丘疹，触之有颗粒感或柔软感，淡红色，较潮湿，一般无自觉症状，有的有轻度痒感。
（3）阴茎珠状丘疹：多见于青壮年，为冠状沟部珍珠状半透明丘疹，白色、淡黄或红色，呈圆锥状、球状或不规则状，沿冠状沟排列成一行或数行，甚或包绕一圈，无明显觉症状。
（4）鲍温样丘疹病：皮疹常由多个色素性丘疹组成，也可单个出现，散在分布或有群集倾向，排列成线状或环形，严重可融合成斑块，发展缓慢（数月或数年），本病为原位鳞癌，或由尖锐湿疣发展而来。本病女性稍多，分布部位主要在大小阴唇、肛周。
（5）皮脂腺异位症：丘疹在粘膜内，无重叠生长，多为淡黄色。
（6）皮脂腺增生：淡黄丘疹，无蒂，无棘刺，无重叠，无融合。
（7）系带旁腺增生：包皮系带两侧成对排列的皮色或淡红色丘疹，有的表面可见轻度棘刺状。丘疹基底不窄，粟粒或针头大，无明显自觉症状。