青春期开始，由于阴茎迅速增大增粗，包皮渐渐向后退而露出龟头。如果青春发育后包皮仍然包着龟头，需要翻动后才能露出者，称为包皮过长;若不能翻出来的，叫做包茎，需要手术治疗。包皮内常积存有包皮垢，青春发育期，包皮垢产生比较多，应当经常翻过包皮洗一洗，以免引起龟头和包皮发炎。
睾丸是男孩生殖器最重要的一部分，是一对卵圆形的腺体。睾丸容积在青春期前仅大于婴儿期，不足3毫升。进入青春期后，睾丸迅速发育，容积可达12毫升以上。里面曲精细管长度及曲折程度增加，管腔增粗，管壁基膜上精原细胞不断分裂繁殖，出现各期生精细胞，最后发育成精子。睾丸还分泌雄性激素，因此睾丸既是生殖器官，也是内分泌器官。
在胎儿期，睾丸是在腹腔内的，出生后睾丸才下降到阴囊内。有的男孩在阴囊里没有睾丸或只有一侧有，这是由于睾丸还停留在腹腔内未降下，医学上称为"隐睾症"，应及早去医院检查治疗。
男孩生殖器官的附属腺有精囊、前列腺、尿道球腺等。青春发育开始后，上述诸腺体均迅速发育并分泌液体，与精子混和后形成粘稠的乳白色精液。遗精是男孩特有的生理现象，是青春期发育的重要标志。青春期后，健康男孩均可发生。
首次遗精年龄平均为14～16岁，比女孩月经初潮平均年龄约晚2年。首次遗精多发生于夏季。初期的精液里可能没有成熟的精子。首次遗精发生后体格发育渐趋缓慢，而睾丸、附睾及阴茎却在迅速发育，接近成人水平。
青春期男孩，随着生殖器官发育，出现第二性征如毛发(阴毛、腋毛及胡须)生长、变声及出现喉结等。阴毛最先出现，其次是腋毛。腋毛出现1年后，长出胡须。喉结的突出是男孩特有的第二性征。