菌菇类适量食用有益健康，但过量食用可能引起胃肠不适或过敏反应。菌菇富含膳食纤维和活性成分，摄入过量可能导致腹胀、腹泻等消化问题，部分人群可能出现皮肤瘙痒或呼吸道过敏症状。
菌菇中膳食纤维含量较高，过量摄入会刺激胃肠黏膜，导致蠕动加快。未充分咀嚼的菌菇残渣可能加重消化负担，出现胃胀、肠鸣等症状。部分野生菌菇含有微量天然毒素，长期大量食用可能对肝脏代谢造成压力。烹饪不彻底或储存不当的菌菇更容易引发急性胃肠炎。
过敏体质者食用菌菇后可能出现组胺反应，表现为皮肤红疹、嘴唇肿胀或呼吸困难。不同菌菇品种的致敏原存在差异，反复接触可能加重过敏程度。银耳、香菇等常见食用菌也可能诱发迟发型过敏，食用后数小时出现症状。孕妇、免疫功能低下者及儿童对菌菇异体蛋白更为敏感。
建议每周食用菌菇不超过500克，选择正规渠道购买可食用品种。新鲜菌菇需彻底清洗并充分加热，避免凉拌生食。出现腹痛或过敏症状应立即停食，严重者需就医。日常可将菌菇与蔬菜、肉类搭配食用，既控制单次摄入量又能均衡营养。特殊人群首次尝试新菌种应少量测试，观察24小时无异常再正常食用。