Y染色体主要遗传自父亲，决定男性性别特征并携带少量与睾丸发育、精子生成相关的功能基因。Y染色体遗传特征主要有男性性别决定、外耳道多毛症、身高倾向、精子生成能力、某些遗传病风险等。
Y染色体上的SRY基因是决定胚胎发育为男性的关键基因，该基因会促使原始性腺分化为睾丸。若父亲Y染色体存在SRY基因缺失或突变，可能导致子代出现性发育异常，如46XY女性化综合征。这类情况需通过基因检测和激素治疗干预。
Y染色体携带的外耳道多毛症基因表现为耳廓毛发过度生长，这种显性遗传特征几乎仅出现在男性群体中。该特征不影响健康，但可能与雄激素受体敏感性相关，若伴随其他异常体征需排查内分泌疾病。
Y染色体包含多个影响骨骼生长的基因位点，子代身高约60%-80%遗传自父母。父亲Y染色体携带的IGF2等生长相关基因可能使男性后代身高接近父系家族趋势，但后天营养和运动对最终身高仍有显著影响。
Y染色体AZF区域的基因缺失会直接导致少精或无精症，这类缺陷会垂直遗传给男性后代。临床常见的有AZFa、AZFb、AZFc三种缺失类型，其中AZFc缺失患者可能通过显微取精获得后代，但子代将继承相同生育风险。
Y连锁遗传病如视网膜色素变性、鱼鳞病等表现为父传子现象。这类疾病基因仅存在于Y染色体上，女性不会发病但可能成为携带者。进行基因筛查和产前诊断可有效阻断致病基因的垂直传播。
建议备孕前进行Y染色体微缺失检测，尤其有家族遗传病史的男性。孕期可通过无创产前基因分析评估胎儿Y染色体状态，出生后关注第二性征发育情况。日常需注意避免接触生殖毒性物质，保持适度运动促进睾酮分泌，适量补充锌元素有助于维持Y染色体稳定性。