菌群失调可能由抗生素滥用、饮食结构失衡、免疫力下降、肠道感染、慢性疾病等因素引起。菌群失调主要表现为腹泻、腹胀、便秘等消化系统症状，可通过调整饮食、补充益生菌、合理用药等方式改善。
长期或过量使用抗生素会破坏肠道正常菌群平衡，抑制有益菌生长，导致致病菌过度繁殖。广谱抗生素对菌群影响尤为明显，使用后可能出现腹泻、真菌感染等症状。建议在医生指导下规范使用抗生素，必要时配合益生菌制剂辅助调节。
高脂高糖低纤维饮食会减少肠道益生菌所需的营养来源，影响其定植和繁殖。长期缺乏膳食纤维可能导致双歧杆菌等有益菌数量下降，而条件致病菌数量增加。日常应增加全谷物、蔬菜水果摄入，减少精加工食品。
免疫系统功能减弱时，对肠道菌群的调控能力降低。艾滋病患者、放化疗人群、长期使用免疫抑制剂者更易出现菌群紊乱。这类人群需特别注意饮食卫生，必要时在医生指导下进行菌群移植治疗。
病原微生物感染会直接破坏肠道微生态平衡。艰难梭菌感染、沙门氏菌感染等均可导致菌群多样性降低。感染治愈后，肠道菌群需要较长时间恢复，期间可适当补充酪酸梭菌、布拉氏酵母菌等益生菌。
糖尿病、炎症性肠病等慢性病患者常伴有肠道菌群失调。高血糖环境有利于有害菌生长，而肠道炎症会改变菌群组成。控制基础疾病、补充特定益生菌株有助于改善相关症状。
维持肠道菌群平衡需要建立健康的生活方式。建议每日摄入30克以上膳食纤维，适量补充含双歧杆菌的发酵乳制品。避免长期使用抑酸药物，规律作息有助于增强免疫力。出现持续腹泻、血便等严重症状时需及时就医，通过粪便菌群检测明确失调类型后针对性治疗。老年人、婴幼儿等特殊人群调节菌群应在专业指导下进行，不可自行滥用益生菌产品。