避孕套能有效预防性传播疾病和意外怀孕，但无法完全防范阴虱、疥疮、疱疹、HPV人乳头瘤病毒和梅毒等通过皮肤接触传播的疾病。防护效果受使用方式、病原体特性等因素影响。
阴虱通过体毛区域直接接触传播，避孕套无法覆盖阴毛区。感染后会出现剧烈瘙痒和红色丘疹，需使用灭虱药物如林旦洗剂或扑灭司林处理衣物床品。
疥螨通过长时间皮肤接触传播，手指缝、手腕等未受避孕套保护的部位易感染。典型症状为夜间加重的丘疹和隧道状皮损，需外用硫磺软膏或苯甲酸苄酯乳膏治疗。
HSV-2病毒可通过生殖器周边皮肤黏膜传播，避孕套未覆盖的水疱渗出液具有传染性。复发期即使无症状也可能排毒，抗病毒药物如阿昔洛韦可抑制发作。
人乳头瘤病毒通过外阴皮肤接触传播，避孕套无法完全阻断。低危型引起尖锐湿疣，高危型与宫颈癌相关，接种九价疫苗可预防主要亚型感染。
一期梅毒的硬下疳常出现在避孕套未覆盖的会阴或肛周，破损处含有大量螺旋体。伴随无痛性溃疡和淋巴结肿大，需青霉素规范治疗防止进展为二期。
保持单一性伴侣可降低接触性传播风险，定期进行性健康检查有助于早期发现无症状感染。日常注意观察生殖器区域皮肤变化，出现异常疹子或分泌物应及时就医。避免共用毛巾等个人物品，治疗期间暂停性生活。合理膳食和规律作息有助于维持免疫力，减少疱疹等病毒的复发概率。