两个人交换菌群主要通过亲密接触实现，主要有皮肤接触、唾液交换、性行为接触、共用物品接触、母婴垂直传播五种途径。
日常拥抱、握手等皮肤接触可传递表皮葡萄球菌等常驻菌群。皮肤表面每平方厘米存在约100万个微生物，长时间密切接触会使双方菌群相似度提升。研究发现同居伴侣手部菌群相似度比陌生人高13%，这种交换对健康人群通常无害，但可能传播金黄色葡萄球菌等条件致病菌。
接吻10秒可交换8000万口腔细菌。唾液中含有链球菌、奈瑟菌等700多种微生物，深度接吻会使伴侣间口腔菌群相似度增加。频繁共用餐具也会促进唾液菌群转移，可能改变双方口腔微生态平衡。
阴道性交会使伴侣间生殖道菌群相似度提高30%。健康女性阴道内以乳酸杆菌为主，性行为可能引入男性尿道中的加德纳菌等，导致菌群失调。肛交则可能传播肠道大肠杆菌等革兰氏阴性菌。
共用毛巾、牙刷等个人物品会转移表皮葡萄球菌、白色念珠菌等。研究显示同用牙刷的伴侣口腔菌群相似度比普通伴侣高38%，这种间接接触可能传播耐药菌株，免疫力低下者需特别注意。
分娩过程中婴儿会获取母亲产道内的乳酸杆菌、双歧杆菌等。剖宫产婴儿肠道菌群与顺产婴儿差异显著，这种早期菌群定植影响免疫系统发育，哺乳期通过母乳继续传递益生菌。
保持适度菌群交换有助于增强微生物多样性，但需注意卫生防护。建议定期更换毛巾牙刷等个人物品，性行为前后做好清洁，免疫力低下时减少深度接触。均衡摄入酸奶、泡菜等发酵食品可维持有益菌群，适当补充益生元促进肠道菌群平衡。出现异常分泌物、持续口腔异味等菌群失调症状时，应及时就医进行微生物检测。