安全套无法完全预防所有性传播疾病，主要存在防护漏洞的疾病包括人乳头瘤病毒感染、阴虱病、生殖器疱疹、梅毒硬下疳和传染性软疣。安全套的防护效果受病毒传播途径、皮肤接触范围及病原体特性影响。
安全套无法覆盖全部生殖器皮肤，人乳头瘤病毒可通过外阴、会阴等部位的皮肤接触传播。该病毒与尖锐湿疣和宫颈癌相关，接种疫苗是更有效的预防手段。
阴虱通过体毛区域密切接触传播，安全套不能阻隔阴毛部位的虫体转移。感染者需剃除阴毛并使用灭虱药物，密切接触者需同步治疗。
疱疹病毒存在于未形成溃疡的潜伏期皮肤中，安全套无法完全隔离病毒。复发期水疱破裂前即具有传染性，抗病毒药物可降低传播风险。
一期梅毒的硬下疳常出现在安全套未覆盖的阴唇、肛周等部位。梅毒螺旋体可通过微小皮肤破损感染，血清学检测是确诊关键。
由痘病毒引起的皮肤接触传染疾病，安全套无法预防疣体直接摩擦传播。特征性脐凹状丘疹需通过冷冻或刮除治疗，避免搔抓可减少自体接种。
除规范使用安全套外，定期进行性病筛查、保持单一性伴侣、接种HPV疫苗等综合措施能显著降低感染风险。出现生殖器皮疹、溃疡等异常症状应及时就医，早期诊断治疗可阻断疾病传播。日常注意外阴清洁干燥，避免使用公共浴具，内衣裤高温消毒可减少间接接触感染概率。