长效避孕药在规范使用下安全性较高，但可能引起月经紊乱、类早孕反应、体重波动等副作用，主要风险与个体体质、用药时间、药物成分等因素相关。
长效避孕药主要成分为孕激素和雌激素，通过抑制排卵实现避孕。部分女性可能出现乳房胀痛、情绪波动等类早孕反应，通常2-3个月经周期后逐渐缓解。激素水平改变可能影响子宫内膜正常生长周期。
药物中的合成激素可能引起水钠潴留导致体重增加，少数使用者会出现糖耐量异常。长期使用需定期监测血压、血糖指标，高血压患者慎用。
约30%使用者会出现经量减少或闭经，停药后多数6个月内恢复。少数人可能发生突破性出血，与子宫内膜对激素的敏感性差异有关。
含雌激素的制剂可能轻微增加静脉血栓概率，35岁以上吸烟女性风险更高。新型孕激素类药物如左炔诺孕酮相对风险较低。
停药后平均生育能力恢复时间为3-12个月，与用药时长呈正相关。建议计划怀孕前改用屏障避孕法过渡，给予卵巢功能充分恢复期。
使用期间建议每年进行妇科检查，包括乳腺超声和宫颈癌筛查。保持规律作息和富含维生素B族的饮食有助于减轻副作用，适度运动可改善药物引起的代谢变化。出现持续头痛、视力模糊或严重腹痛应立即就医。有乳腺癌家族史、严重肝病或未控制的高血压患者应选择非激素避孕方式。