炒熟的瓜子可以放入冰箱保存，但需注意密封防潮。瓜子变质主要与氧化受潮、储存温度、密封程度、存放时长、环境湿度等因素有关。
瓜子含较多不饱和脂肪酸，接触空气易氧化产生哈喇味。冰箱冷藏虽能延缓氧化，但若密封不严，水汽侵入会导致瓜子受潮软化。建议使用真空密封罐或双层食品袋保存。
冷藏室4℃左右能有效抑制霉菌繁殖，延长保质期1-2个月。但冷冻会导致瓜子吸水返潮，解冻后口感变韧。若短期食用，阴凉干燥处存放即可。
普通塑料袋无法隔绝水汽，建议选用铝箔袋或玻璃密封罐。分装时排出袋内空气，加入食品干燥剂可进一步防潮。开封后尽量两周内食用完毕。
常温下炒制瓜子保质期约15天，冷藏可延长至2个月。若出现霉斑、油蒿味或苦味需立即丢弃。带壳瓜子比瓜子仁更耐储存。
南方潮湿地区建议冷藏保存，北方干燥环境阴凉存放即可。梅雨季节或厨房水汽重时，需加强密封措施，避免瓜子吸水变质。
日常保存瓜子可搭配生石灰包吸潮，避免与海鲜等异味食品混放。食用前可用微波炉中火加热30秒去除水汽，恢复酥脆口感。原味瓜子比调味瓜子更耐储存，椒盐、五香等含盐分品种易吸潮结块。建议购买小包装分批食用，开封后若发现哈喇味或霉变迹象应停止食用，霉变瓜子产生的黄曲霉素可能损害肝脏功能。