梨果肉变黑可能由氧化反应、低温冻伤、真菌感染、机械损伤或成熟过度引起。
梨切开后暴露在空气中，多酚类物质与氧气接触发生酶促褐变导致变黑。用柠檬汁或盐水浸泡切面可延缓氧化，冷藏保存时需用保鲜膜密封隔绝空气。
冰箱温度低于4℃可能破坏梨细胞结构，解冻后出现褐色水渍状斑块。轻微冻伤可切除变色部分食用，严重冻伤需整果丢弃。储存时避免贴近冰箱后壁。
链格孢菌等病原体侵入会造成黑色放射状腐烂斑，多伴随发酵异味。发现霉变应立即丢弃整果，相邻水果需用50℃温水浸泡5分钟杀菌。
运输碰撞导致内部淤伤，3-5天后伤处逐渐褐变。表皮完好的轻微淤伤可尽快食用，已软化变味的需切除变质部分。
过熟梨子果肉糖化分解产生褐色物质，伴有酒精味。可制作梨酱或烘焙使用，若出现酸败气味则不可食用。
日常储存新鲜梨子建议保持8-10℃环境湿度90%，避免阳光直射。食用前观察果柄是否新鲜翠绿，轻按果脐应有弹性。搭配苹果或香蕉存放可延缓成熟，已切开的梨可搭配酸奶或坚果增加营养摄入。出现大面积黑斑伴随汁液渗出时需谨慎食用，糖尿病患者尤其注意霉变梨可能产生的展青霉素毒素。