避孕套无法完全阻挡HPV、疱疹和阴虱等疾病传播，主要与病毒特性、皮肤接触和防护范围有关。
人乳头瘤病毒通过皮肤黏膜接触传播，避孕套未覆盖的生殖器区域仍可能发生感染。治疗方法包括局部用药咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素、冷冻治疗或激光手术。定期宫颈癌筛查对女性尤为重要。
HSV病毒存在于疱疹溃疡和外观正常的皮肤中，避孕套无法完全隔离病毒。抗病毒药物如阿昔洛韦、泛昔洛韦可抑制发作，保持患处干燥清洁能加速愈合。
阴虱通过毛发接触传播，避孕套无法防护阴毛区域。治疗需剃除阴毛并使用扑灭司林洗剂、马拉硫磷乳液，衣物床单需高温消毒。
一期梅毒的硬下疳常出现在避孕套未覆盖的会阴部，青霉素注射是首选治疗方案，多西环素适用于青霉素过敏者。
这种痘病毒通过皮肤直接接触传播，刮除术、液氮冷冻或斑蝥素点涂可去除疣体，避免抓挠防止自体接种。
预防这类疾病需结合安全性行为与定期体检，补充维生素C/E增强免疫力，穿棉质透气内裤减少皮肤摩擦。运动方面推荐每周3次有氧运动改善血液循环，饮食多摄入富含锌的海产品和抗氧化剂丰富的蓝莓等浆果。出现可疑症状应立即就医，避免共用毛巾等个人物品。