皮下埋植避孕可能引起月经紊乱、头痛、情绪波动等副作用，但多数症状会逐渐缓解。
皮下埋植避孕最常见的副作用是月经模式改变，包括经期延长、点滴出血或闭经。这源于孕激素对子宫内膜的抑制作用，属于正常药物反应。若持续出血超过7天或出血量过大，可短期服用布洛芬缓解，严重时需医生评估是否补充雌激素或取出埋植剂。
部分使用者初期会出现轻度头痛，与体内激素水平波动相关。建议保持充足睡眠，每日饮用1500ml水，必要时服用对乙酰氨基酚。持续剧烈头痛需排除偏头痛或高血压等基础疾病，必要时更换避孕方式。
孕激素可能影响5-羟色胺分泌，导致情绪敏感或抑郁倾向。每日30分钟有氧运动如快走、游泳可改善症状，补充维生素B6每日50mg也有帮助。若情绪障碍持续超过2个月，应考虑心理干预或改用铜质宫内节育器。
约15%使用者会出现2-5kg体重增加，与激素引起的水钠潴留和食欲变化有关。建议采用低盐饮食每日钠摄入＜2g，增加高纤维食物如燕麦、西兰花的摄入，配合每周3次抗阻训练控制体重。
埋植部位可能出现淤青1-2周消退或轻微感染。术后24小时冰敷可减轻肿胀，保持敷料干燥3天。罕见情况下会发生埋植剂移位，需通过超声定位后手术取出。
使用期间建议每半年检查血压和肝功能，避免同时服用圣约翰草等影响药效的草本制剂。日常可食用含钙丰富的乳制品预防骨密度下降，经期紊乱期搭配红枣枸杞茶调理。埋植3年后需及时更换，计划妊娠者取出后生育能力可快速恢复。出现严重过敏反应或视觉模糊等神经系统症状应立即就医。