正确使用短效避孕药不会导致不孕不育，但紧急避孕药滥用或药物选择不当可能影响生育功能，涉及激素水平紊乱、卵巢功能抑制、子宫内膜异常、输卵管功能障碍、个体差异等因素。
避孕药通过外源性激素干扰下丘脑-垂体-卵巢轴，长期使用可能造成促卵泡激素FSH和黄体生成素LH分泌异常。停药后3-6个月经周期内多数可自行恢复，持续紊乱者需采用克罗米芬促排卵或激素替代疗法。
孕激素成分会抑制卵泡发育，长期使用可能引发卵巢惰性反应。临床数据显示90%使用者停药1年内恢复排卵，超1年未恢复需检查抗苗勒管激素AMH，必要时采用生长激素或辅酶Q10改善卵泡质量。
避孕药使子宫内膜变薄可能影响受精卵着床。超声显示内膜厚度＜7mm时，建议使用戊酸雌二醇增厚内膜，配合阿司匹林改善血流，中医针灸也有助内膜修复。
孕激素可能降低输卵管纤毛摆动频率。造影检查发现输卵管功能异常时，可进行输卵管通液术，严重者需腹腔镜粘连分解术，术后配合活血化瘀中药调理。
多囊卵巢综合征患者使用避孕药后更易出现排卵障碍。这类人群停药后应监测基础体温，必要时采用来曲唑促排，同时控制胰岛素抵抗改善生育环境。
日常需避免连续服用紧急避孕药超过每年3次，短效避孕药使用前应检查乳腺和凝血功能。饮食多摄入亚麻籽、三文鱼等富含ω-3食物，规律进行瑜伽或游泳等舒缓运动，每月记录月经周期变化。出现闭经超半年需进行性激素六项和阴道B超联合检查，40岁以上女性建议同步评估卵巢储备功能。