西地那非常见副作用包括头痛、面部潮红、消化不良、视觉异常和肌肉疼痛，多数症状轻微且可自行缓解。
西地那非通过扩张血管改善勃起功能，可能引发脑血管扩张性头痛。轻度头痛可通过休息或冷敷缓解，持续剧烈头痛需停用药物并就医。临床数据显示约16%使用者出现该反应，通常2-3小时内消退。
药物对皮下血管的扩张作用导致面部毛细血管充血，表现为皮肤发红发热。避免酒精和辛辣食物可减轻症状，严重时可使用冰袋冷敷。该反应发生率约10%，多发生于用药后30分钟内。
西地那非松弛食管括约肌可能引发胃酸反流。建议餐后2小时服药，避免高脂饮食。奥美拉唑等抑酸剂可缓解症状，持续不适需调整用药方案。约7%使用者报告此类不适。
药物抑制PDE6酶可能引发蓝视症或光敏感。避免强光环境，出现视物模糊需立即停药。临床研究显示约3%患者出现短暂性色觉改变，通常24小时内恢复。
西地那非影响平滑肌代谢可能引发背部和四肢酸痛。轻度疼痛可通过热敷缓解，布洛芬等非甾体抗炎药可短期使用。约4%使用者报告该反应，多与首次用药相关。
使用西地那非期间建议保持低盐饮食，避免葡萄柚汁影响药物代谢。适度有氧运动可增强心血管适应性，但避免与硝酸酯类药物同用。出现心悸或持续4小时以上勃起需急诊处理。定期监测血压和肝功能，长期使用者每6个月需进行心血管评估。储存时注意避光防潮，25℃以下环境保存最佳。