安全套无法完全预防的疾病包括疱疹、尖锐湿疣、阴虱、梅毒硬下疳和乙肝，主要通过皮肤接触或体液间接传播。
单纯疱疹病毒HSV通过皮肤黏膜直接接触传播，安全套无法覆盖的生殖器周围区域仍可能发生感染。治疗需口服阿昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒药物，局部涂抹喷昔洛韦乳膏可缓解症状。性行为前后彻底清洁皮肤，避免病灶接触能降低风险。
HPV病毒通过外阴、肛周等部位的微小破损感染，安全套无法完全阻断接触。临床采用冷冻疗法、激光灼烧或咪喹莫特乳膏去除疣体，接种九价HPV疫苗可预防高危型感染。定期醋酸白试验筛查有助于早期发现。
寄生虫通过阴毛区皮肤接触传播，安全套无法防止虫体转移。治疗需剃除阴毛后使用林旦乳膏、扑灭司林洗剂，高温烫洗贴身衣物。避免共用毛巾床单，性伴侣需同步治疗以防反复感染。
一期梅毒的硬下疳常出现在安全套未覆盖的会阴或肛周，破损分泌物含大量螺旋体。青霉素肌肉注射是首选疗法，多西环素适用于青霉素过敏者。确诊后需追踪RPR滴度变化，3个月内避免无保护性行为。
病毒可通过经血、精液和阴道分泌物传播，安全套破损时仍有感染风险。暴露后24小时内注射乙肝免疫球蛋白，完成0-1-6月疫苗接种程序。慢性患者需长期服用恩替卡韦、替诺福韦抑制病毒复制。
日常保持单一性伴侣关系可大幅降低疾病传播概率，性行为后及时用碘伏消毒接触部位。适当补充维生素C和锌元素增强黏膜抵抗力，避免酗酒熬夜导致免疫力下降。出现生殖器溃疡、异常分泌物等症状时，需暂停性活动并尽早就医检测。