支原体阳性需根据药敏结果选择敏感抗生素治疗，同时配合生活调整和伴侣同治，常见方法包括阿奇霉素、多西环素等药物治疗，增强免疫力，避免交叉感染。
支原体感染首选大环内酯类或四环素类抗生素，常用药物包括阿奇霉素口服500mg单次顿服或连服3天、多西环素每日100mg分2次口服，疗程7天及左氧氟沙星每日500mg口服，疗程7天。治疗前建议进行药敏试验，耐药菌株可选用米诺环素或克拉霉素。完成疗程后需间隔4周复查，避免过早检测导致假阴性。
性传播是支原体主要感染途径，伴侣需同时检测治疗。即使无症状也应完成相同疗程，使用安全套直至双方复查转阴。未同治易导致反复感染，部分患者需延长治疗周期至14天，尤其合并盆腔炎或尿道炎时。
长期不转阴可能与免疫力低下相关。每日补充维生素C500-1000mg、锌15mg及益生菌，保证7小时睡眠。每周3次有氧运动如快走、游泳，每次30分钟可提升免疫功能。反复感染者可检测HIV、糖尿病等基础疾病。
女性患者配合阴道栓剂如乳酸菌制剂调节菌群，男性可用高锰酸钾坐浴。治疗期间避免盆浴、共用毛巾，内裤高温消毒。合并瘙痒时选用克霉唑乳膏，防止混合感染。泌尿系统症状明显者可口服碳酸氢钠碱化尿液。
停药后4周进行核酸扩增检测NAAT，避免尿液样本污染。连续2次间隔1个月检测阴性视为治愈。持续阳性需排除生物膜形成，改用莫西沙星联合多西环素，必要时进行盆腔理疗或前列腺按摩辅助药物渗透。
治疗期间需减少辛辣刺激食物摄入，增加酸奶、西兰花等富含抗氧化物质的食物。每日饮水2000ml以上促进代谢，避免骑行等压迫会阴部的运动。合并宫颈炎者可尝试红外线照射理疗，男性附睾炎患者建议阴囊托高。所有生殖道感染治疗期间禁止性生活，恢复后3个月内建议使用避孕套。