功能性障碍与器质性障碍的核心区别在于是否存在可检测的生理结构异常，功能性多由心理或生理调节异常引起，器质性则伴随明确的组织病变。
功能性障碍指身体机能异常但无器官实质性损伤，如心因性勃起功能障碍；器质性障碍存在可观测的病理改变，如前列腺炎导致的排尿困难。前者通过调节神经内分泌可改善，后者需针对病灶治疗。
功能性病因包括心理压力、激素波动或自主神经紊乱；器质性病因涵盖感染如附睾炎、外伤骨盆骨折、肿瘤睾丸癌或先天畸形尿道下裂。遗传因素在器质性疾病中更显著。
功能性诊断依赖症状问诊和心理评估IIEF量表；器质性需医学影像超声检查、实验室检测精液分析或组织活检。两者可能并存，需排除性诊断。
功能性治疗采用心理咨询认知行为疗法、药物西地那非或物理训练凯格尔运动；器质性需抗生素左氧氟沙星、手术精索静脉结扎或激素替代睾酮补充。
功能性障碍易反复但可逆，器质性疾病治愈后可能遗留功能损伤。慢性前列腺炎等疾病可能兼具两种特性，需综合干预。
饮食上增加锌牡蛎、维生素E坚果摄入有助于生殖系统功能调节；有氧运动游泳改善盆底血液循环；器质性疾病术后需避免久坐，功能性障碍患者建议进行正念减压训练。定期体检能早期鉴别两类问题，突发严重症状如血精或剧烈疼痛需立即就医。