保温杯水垢主要由碳酸钙沉积形成，可通过白醋浸泡、小苏打擦洗、柠檬酸溶解、专用清洁剂或煮沸法去除。
水垢主要成分为碳酸钙，白醋中的醋酸能与之反应生成可溶性物质。将白醋与温水按1：1比例混合倒入保温杯，静置2小时后用软布擦拭，顽固水垢可延长浸泡时间。注意不锈钢内胆避免使用高浓度醋，防止腐蚀。
小苏打的弱碱性可分解矿物质沉积。取两勺小苏打加水调成糊状，用海绵蘸取后反复擦洗杯壁，尤其注意瓶口螺纹处。处理后需彻底冲洗，避免残留影响饮水口感。
食品级柠檬酸对水垢溶解效果显著。5克柠檬酸粉加200毫升60℃温水溶解，倒入保温杯摇晃均匀，30分钟后水垢自动脱落。此方法适合塑料或玻璃材质保温杯。
市售水垢清洁剂含表面活性剂和螯合剂，如氧净、茶渍清洁剂等。按说明书比例稀释后浸泡15分钟，配合杯刷清洗缝隙。使用后需用清水反复冲洗3次以上。
将保温杯装满清水煮沸10分钟，高温使水垢松动，冷却后倒掉即可。此法适合耐高温材质，但可能缩短真空层寿命，建议每季度使用不超过1次。
日常预防水垢需定期清洗，避免长时间盛放热水或碳酸饮料。清洗后倒置晾干防止细菌滋生，每周用软毛刷清洁吸管和密封圈。水质较硬地区可安装净水器，或每月用土豆皮加水煮沸一次去除轻微沉积。运动后及时清洗汗渍，存放时保持通风干燥。