牡蛎可食用部分包括肉质软体及汁液，但内脏团可能蓄积重金属或病原体需谨慎处理。
牡蛎闭合肌和外套膜是主要食用部分，富含锌、牛磺酸及优质蛋白。新鲜牡蛎汁液含游离氨基酸，可直接饮用。建议选择外壳完整、鲜活个体，用柠檬汁或醋杀菌后生食。
消化腺和生殖腺可能富集海水中镉、铅等重金属，夏季赤潮期还可能含有腹泻性贝毒。处理时可剖开牡蛎剔除深色内脏团，高温蒸煮15分钟以上降解部分毒素。
碳酸钙质外壳不可食用，但煮沸消毒后可用于熬制高汤。破碎外壳边缘锋利，需专用开蚝刀操作。附着的藤壶等生物可能携带致病菌，应彻底刷洗。
痛风患者需控制食用量，每100克牡蛎含嘌呤约150毫克。过敏体质者慎食，其原肌球蛋白可能引发荨麻疹。孕妇建议彻底煮熟避免李斯特菌感染。
活牡蛎冷藏保存需用湿布覆盖，温度保持4℃以下。去壳牡蛎肉可真空包装冷冻，-18℃储存不超过2个月。解冻后质地变化不宜再生食，适合煎炸或做粥。
日常食用可搭配生姜紫苏驱寒，推荐蒜蓉蒸牡蛎或芝士焗烤做法。每周摄入量控制在300克以内，避免重金属蓄积。运动后补充2-3只可快速恢复体力，但腹泻期间应暂停食用。选购时注意产地水质报告，夏季避免食用野生牡蛎。