蛏子内部黑色物质通常是消化系统残留物或生殖腺，可安全食用但需彻底清洗。
黑色物质可能是肠道内的藻类残渣或泥沙。蛏子通过滤食摄取浮游生物时，部分杂质会沉积在消化道。处理方法是将蛏子放入淡盐水浸泡2小时，水中加入少许食用油促进吐沙，烹饪前剪开背部清除内脏。
繁殖期蛏子的性腺呈黑褐色，富含蛋白质和微量元素。雌性生殖腺颜色更深，常见于春夏季。这类物质不影响食用，清蒸时加入姜片可去腥，爆炒前用料酒腌制10分钟提升风味。
若黑色物质伴随黏液或腐臭味，可能已变质。新鲜蛏子外壳紧闭，触碰后迅速闭合。发现异常需丢弃，避免引发腹泻。储存时应置于0-4℃冷藏层，覆盖湿布保持湿度。
野生蛏子可能携带线虫幼虫，表现为黑色丝状物。购买养殖蛏子更安全，烹饪时保持100℃以上加热5分钟。凉拌蛏子需提前用沸水焯烫30秒，生食风险较高。
竹蛏等品种内脏颜色较深，与缢蛏形态不同。处理时可保留可食部分，剔除鳃部和胃囊。福建沿海居民常将生殖腺制成特色调味料，高温灭菌后食用。
日常食用建议选择鲜活蛏子，烹饪前用牙刷清洁外壳缝隙。清蒸保留营养，搭配蒜蓉粉丝；爆炒时大火快炒保持嫩度。每周摄入不超过500克，高尿酸人群需控制量。运动后补充蛏子可补充锌元素，但避免与维生素C同食影响吸收。储存时可用海水浸泡延长存活时间，冷冻保存不超过1个月。