长期或不当服用避孕药可能引发血栓风险增加、内分泌紊乱、肝功能异常、胃肠道不适及代谢异常等问题。
避孕药中的雌激素会提高血液凝固因子浓度，增加静脉血栓和肺栓塞风险。有吸烟习惯或家族血栓病史者风险更高。建议改用孕激素单体制剂或非激素避孕方式，如避孕套、宫内节育器。定期监测D-二聚体指标，出现下肢肿痛或呼吸困难需立即就医。
外源性激素干扰下丘脑-垂体-卵巢轴，导致月经紊乱、乳房胀痛或情绪波动。连续用药超过5年可能影响卵巢功能恢复。出现闭经时可短期使用黄体酮调节，配合谷维素缓解焦虑症状。自然避孕法结合基础体温监测可作为替代方案。
药物代谢加重肝脏解毒压力，可能诱发转氨酶升高或药物性肝炎。乙肝携带者应避免复方避孕药。护肝治疗可选用水飞蓟宾胶囊，配合低脂饮食减轻负担。每半年检查肝功能，异常时更换含炔诺酮的低剂量剂型。
孕激素延缓胃排空速度，常见恶心呕吐反应。建议餐后服药或选择含屈螺酮的缓释剂型。生姜含片缓解孕吐，维生素B6每日补充10-20mg。持续腹泻需排查乳糖不耐受，改用阴道避孕环可绕过消化道吸收。
胰岛素敏感性下降可能导致糖耐量异常，甘油三酯水平平均上升20%。有糖尿病家族史者优选含去氧孕烯的制剂。生活方式干预包括每日30分钟有氧运动，减少精制碳水摄入。每3个月检测糖化血红蛋白值。
饮食上增加十字花科蔬菜促进雌激素代谢，补充镁元素改善经前综合征。游泳和瑜伽有助于调节内分泌平衡，避免高强度间歇训练加重激素波动。服药期间每日饮水量不低于1.5升，定期妇科检查排除乳腺增生和宫颈病变。40岁以上女性建议每两年进行骨密度检测，预防药物相关的钙流失。