紧急避孕药可能引起月经紊乱、恶心呕吐、乳房胀痛、头痛眩晕及异常子宫出血等短期副作用，长期频繁使用可能干扰内分泌平衡。
紧急避孕药含高剂量孕激素会直接作用于子宫内膜，导致撤退性出血或月经周期改变。约30%使用者会出现月经提前或延迟1-2周，部分人持续2-3个月经周期才能恢复。建议记录月经周期，若超过40天未恢复需检查激素六项，必要时采用短效避孕药调节周期。
药物刺激胃黏膜引发恶心呕吐发生率约50%，通常服药后2小时内出现。选择餐后服用可减轻症状，严重者可服用维生素B6缓解。米非司酮类避孕药消化道反应较轻，左炔诺孕酮类需配合止吐药使用。
孕激素骤升导致乳腺导管扩张，表现为触痛性胀痛，持续3-7天自行消退。穿戴无钢圈内衣减少压迫，冷敷可缓解肿胀。如出现结节或持续疼痛需超声排除乳腺增生。
药物通过血脑屏障影响中枢神经系统，15%使用者出现头痛头晕。避免服药后驾驶或高空作业，对乙酰氨基酚可缓解症状。偏头痛患者应优先选择含雌激素拮抗剂的避孕方案。
子宫内膜不规则脱落导致点滴出血，发生率约20%。出血量少无需处理，持续超过7天需做阴道超声检查。临床常用云南白药胶囊止血，严重者需黄体酮治疗。
服用后24小时内避免酒精和咖啡因，多摄入富含维生素C的猕猴桃、鲜枣促进代谢。每周3次有氧运动帮助调节激素水平，瑜伽蝴蝶式可改善盆腔循环。一年内使用不超过2次，长期避孕建议改用复方口服避孕药或避孕环。哺乳期女性服药需暂停母乳喂养48小时，肝肾疾病患者禁用米非司酮类避孕药。