紧急避孕药可能引起月经紊乱、内分泌失调、胃肠道不适、乳房胀痛、长期使用影响生育功能。
紧急避孕药含大剂量孕激素，会干扰正常月经周期，导致提前或延迟出血。部分女性服药后出现点滴出血或经量异常，通常1-2个周期可恢复。若持续三个月未恢复正常，需就医排查多囊卵巢综合征等疾病。治疗可选用短效避孕药调节周期，如优思明、妈富隆、达英-35等。
药物中左炔诺孕酮等成分会暂时抑制下丘脑-垂体-卵巢轴，引发痤疮、情绪波动、体重增加等症状。临床建议通过检测性激素六项评估影响程度，轻度失调可通过补充维生素B族、谷维素调节，严重者需使用戊酸雌二醇等激素药物干预。
约30%服药者出现恶心呕吐，与药物刺激胃黏膜有关。建议餐后服用并搭配维生素B6缓解，呕吐严重者可选用昂丹司琼等止吐药。服药后腹泻需警惕药物吸收不足，必要时12小时内补服。
激素波动导致乳腺组织水肿，表现为胀痛或触痛。通常2周内自行缓解，热敷和穿戴无钢圈文胸可减轻症状。若出现结节或持续疼痛，需超声排除乳腺增生，治疗可选用乳癖消片或逍遥丸。
一年内反复使用超过3次可能损伤子宫内膜容受性，增加不孕风险。研究显示频繁使用者宫外孕概率提升50%。有生育需求者应监测排卵功能，必要时采用黄体酮支持治疗，避免使用米非司酮类紧急避孕药。
服用后建议补充富含铁元素的食物如动物肝脏、菠菜，避免生冷刺激饮食。适度进行瑜伽、慢跑等运动调节内分泌，服药后三个月内定期进行妇科超声和激素检查。紧急避孕药每年使用不超过2次，常规避孕推荐避孕套或短效避孕药，哺乳期女性禁用含雌激素类紧急避孕药物。