水垢主要由碳酸钙和镁盐沉积形成，去除方法包括醋酸浸泡、柠檬酸清洗、小苏打摩擦、专用除垢剂处理以及物理刮除法。
白醋与水按1：1比例混合倒入水杯，静置2小时使醋酸与碳酸钙反应生成可溶性物质。顽固水垢可加热溶液至50℃增强活性，最后用软布擦拭冲洗。该方法适合玻璃、陶瓷材质，金属杯需缩短浸泡时间避免腐蚀。
10克食品级柠檬酸溶于200毫升温水，浸泡水杯4小时分解碱性水垢。柠檬酸络合钙离子能力优于醋酸，对不锈钢保温杯更安全。处理后用清水反复冲洗消除酸味残留，适合婴幼儿用品清洁。
取5克食用小苏打调成糊状，用纳米海绵蘸取后圆周摩擦杯壁。碳酸氢钠微颗粒能物理剥离水垢层，配合牙刷清洁螺纹接口处。塑料水杯适用此法，避免硬物刮伤产生微塑料。
市售氧系除垢剂含过碳酸钠成分，按说明书浓度配比浸泡30分钟，产生的活性氧可氧化有机污垢同步杀菌。电解法除垢仪通过电流分解水垢分子，适合即热式饮水机内胆清洁。
对厚重结垢层可使用专用尼龙刮刀，沿杯壁45度角轻柔刮除。超声波清洗机利用高频震荡剥离沉积物，需控制时长防止涂层脱落。玻璃杯可尝试冰箱冷冻后骤热使水垢龟裂脱落。
预防水垢需定期清洗并保持干燥，水质过硬地区建议安装软水机。每周用柠檬片擦拭杯口可延缓沉积，煮沸后的开水静置沉淀再饮用。食品级除垢剂每月深度清洁一次，避免使用钢丝球等破坏性工具。运动水壶需拆卸密封圈清洗缝隙，硅胶折叠杯应翻开褶皱处彻底晾干。