功能性和器质性病变的严重程度需，器质性通常伴随组织结构损伤，功能性多与生理失调相关。
功能性病变指器官功能异常但无明确结构改变，如肠易激综合征；器质性病变存在肉眼或显微镜下可见的损伤，如胃溃疡。前者通过调节生活方式可能缓解，后者常需药物或手术干预。
功能性疾病因缺乏影像学或实验室标志物，诊断更依赖排除法；器质性疾病通过胃镜、CT等可快速确诊。例如功能性消化不良需排除胃炎、肿瘤后才能确诊。
功能性病症治疗侧重神经调节和习惯改善，如认知行为疗法治疗焦虑性勃起障碍；器质性疾病如前列腺增生可能需要长期服药非那雄胺或手术经尿道电切。
器质性病变可能进展为器官衰竭，如慢性肾炎导致尿毒症；功能性月经失调虽影响生活质量，但极少危及生命。冠心病等器质性疾病突发心梗风险显著高于心脏神经症。
长期功能性障碍可能诱发器质病变，如心理性ED持续不治会导致血管内皮损伤；反流性食管炎未控制可能发展为Barrett食管等癌前病变。
日常需区分对待两类问题：功能性症状建议尝试腹式呼吸训练、补充益生菌调节肠道功能；器质性疾病患者应严格遵医嘱用药，如高血压服用氨氯地平。每周3次有氧运动可改善功能性心悸，器质性心脏病患者运动前需经心肺评估。器质病变术后护理需关注伤口消毒和营养补充，如前列腺术后多食西红柿、三文鱼。