安全套能有效预防多数性传播疾病，但对HPV、阴虱、疱疹等接触传播或皮肤接触感染的疾病防护有限。
人乳头瘤病毒通过皮肤黏膜接触传播，安全套未覆盖的生殖器区域仍可能感染。高危型HPV与宫颈癌相关，接种九价HPV疫苗可预防90%相关病毒亚型，定期宫颈TCT检查能早期筛查病变。感染者需避免搔抓，外用咪喹莫特乳膏或接受冷冻治疗。
阴虱通过体毛接触寄生，安全套无法阻断其传播。表现为剧烈瘙痒和蓝色咬痕，需剃除阴毛并用百部酊或扑灭司林乳液灭虱，床单衣物需60℃高温消毒。性伴侣需同步治疗，避免共用毛巾。
HSV-2病毒通过疱疹溃疡或无症状排毒期皮肤接触传播。即使使用安全套，会阴部未保护区域仍存在风险。阿昔洛韦口服可抑制复发，局部涂抹喷昔洛韦软膏缓解症状。发作期禁止性接触，保持患处干燥。
一期梅毒的硬下疳常出现在安全套未覆盖的阴囊或大阴唇部位。苄星青霉素肌注是首选疗法，多西环素适用于青霉素过敏者。即使皮疹消退仍需完成疗程，每月检测TRUST滴度至转阴。
痘病毒引起的脐凹状丘疹通过浴具或皮肤摩擦传播。液氮冷冻或夹除术可清除疣体，外用西多福韦凝胶抑制病毒。避免抓挠导致自体接种，内衣需煮沸消毒。
性行为前后用生理盐水清洗外阴可降低病原体附着风险，日常补充维生素C和锌增强黏膜免疫力。尖锐湿疣患者建议选择激光气化治疗，治疗期间穿棉质透气内裤减少摩擦。阴虱感染者需对居住环境彻底消杀，HSV携带者应保持规律作息避免复发。所有性传播疾病患者都应完成规范治疗并复查，伴侣同治是阻断传播的关键。