青春期不发育可能由遗传因素、营养不良、内分泌疾病、慢性消耗性疾病、心理社会因素引起。
家族性体质性青春期延迟是常见原因，父母或近亲有类似发育迟缓史。这类情况通常无需特殊治疗，建议定期监测骨龄和激素水平。对于确诊为特发性低促性腺激素性性腺功能减退症IHH的患者，可采用激素替代治疗，如绒毛膜促性腺激素HCG、睾酮或雌激素补充。
长期热量摄入不足或微量元素缺乏会影响下丘脑-垂体-性腺轴功能。锌缺乏直接影响睾酮合成，维生素D不足干扰骨骼发育。改善措施包括每日摄入优质蛋白鸡蛋、鱼肉、含锌食物牡蛎、坚果及钙质牛奶、豆制品，必要时补充复合维生素。
垂体瘤、甲状腺功能减退、库欣综合征等疾病会导致促性腺激素分泌异常。需通过MRI检查垂体结构，检测TSH、皮质醇等激素水平。治疗方法包括手术切除垂体瘤、左甲状腺素钠替代治疗、控制皮质醇分泌药物如美替拉酮。
先天性心脏病、慢性肾病、炎症性肠病等消耗性疾病会抑制生长发育。治疗原发病是关键，如先心病矫治手术、肾病患者的生长激素联合治疗。克罗恩病患者需使用英夫利昔单抗控制炎症后，青春期发育可能自然启动。
长期精神压力、过度运动如竞技体操运动员或神经性厌食会导致功能性下丘脑闭经。认知行为疗法可改善进食障碍，运动员需调整训练强度至体脂率维持在17%以上。严重病例需短期使用雌孕激素周期疗法建立月经。
日常需保证每日摄入300ml牛奶、50g瘦肉及30分钟中等强度运动如跳绳。监测身高体重曲线，每半年复查骨龄，避免使用成分不明的增高保健品。心理支持尤为重要，避免因发育延迟产生自卑情绪，多数体质性延迟患者在18岁前能自然追赶到正常发育水平。